Bovenstaande vergoedingen zijn ten laste van de Vlaamse overheid. De beheerovereenkomsten botanisch beheer werden niet meer opgenomen in het Vlaams programmadocument voor plattelandsontwikkeling (2007 – 2013). Bijgevolg is er geen cofinanciering voor die maatregel. Die beheerovereenkomsten werden als agro-milieumaatregel aangemeld bij de diensten van de Europese Commissie die zijn bevoegd voor staatssteun. De diensten van de Commissie hebben geen bezwaar tegen de maatregelen voor botanisch beheer en de vergoedingen (kennisgeving Commissie van 19 december 2007).