De Vlaamse Landmaatschappij is als beheerdienst bevoegd voor de actieve bevordering, het sluiten, de voortgangsbewaking, de praktische uitvoering en de monitoring van de beheerovereenkomsten.
Voor de goede uitvoering van haar taken overlegt de Vlaamse Landmaatschappij regelmatig met het departement Leefmilieu, Natuur en Energie (LNE) en met het Agentschap voor Natuur en Bos (ANB).
De VLM gaat altijd na of aan de voorwaarden voor het sluiten van een beheerovereenkomst voldaan is. Als de VLM beslist dat een beheerovereenkomst kan gesloten worden, legt ze een ontwerp van beheerovereenkomst voor aan de betrokken landbouwer. Daarna is de landbouwer aan zet. Hij moet, voor het ingaan van de beheerovereenkomst, de nodige exemplaren terugbezorgen aan de VLM. De VLM bezorgt de beheerder daarna een definitieve beheerovereenkomst.
De VLM is verder ook verantwoordelijk voor de inhoudelijke aspecten van de
administratieve controles van de beheerovereenkomsten en daar waar nodig voert zij ook de nodige administratieve controles zelf uit. De
terreincontroles worden uitgevoerd door de medewerkers van de dienst Handhaving van de afdeling Mestbank van de VLM. Die controles worden zoveel mogelijk samen uitgevoerd met andere controles.
De uiteindelijke betaling van de beheervergoedingen gebeurt niet door de VLM, maar door het betaalorgaan. Het betaalorgaan staat in voor de uitbetaling van alle landbouwsteun die land- of tuinbouwers ontvangen. Indien nodig zal het betaalorgaan ook overgaan tot terugvorderingen, kortingen of uitsluitingen van beheervergoedingen.