Het agentschap heeft als missie bij te dragen tot de realisatie van de doelstellingen van:
- het milieubeleid, bedoeld in artikel 1.2.1, § 1, van het decreet algemene bepalingen milieubeleid;
- de ruilverkaveling, bedoeld in de wetgeving inzake ruilverkaveling van landeigendommen;
- de landinrichting, vermeld in het decreet van 28 maart 2014 betreffende de landinrichting;
- het decreet natuurbehoud;
- het Mestdecreet van 22 december 2006;
- het geïntegreerd plattelandsbeleid;
- het grondbeleid van het eigen beleidsdomein
- het decreet Vlaamse Grondenbank
De taken van het agentschap zijn:
- de uitvoering van het mestbeleid, als bedoeld in het Mestdecreet van 22 december 2006
- de uitvoering van het beleid ter bescherming van de kwaliteit van de bodem dat erop gericht is om die geschikt te maken of te houden voor zo veel mogelijk bodemfuncties.
- op verzoek van de bevoegde diensten van de Vlaamse regering, de bevoegde agentschappen of, in voorkomend geval, de bevoegde lokale besturen, zijn medewerking te verlenen aan de ondersteuning van de algemene inrichting van het buitengebied en de open ruimte
- de uitvoering van het geïntegreerd plattelandsbeleid met uitzondering van die aspecten die werden toegewezen aan andere agentschappen of tot een ander beleidsdomein behoren
- een uniek loket beheersovereenkomsten voor de doelgroep landbouw op te richten en te beheren
- op verzoek van de bevoegde diensten van de Vlaamse regering of de bevoegde agentschappen, zijn medewerking te verlenen aan de uitvoering van het grondbeleid.
- ondersteuning te geven aan het agentschap Informatie Vlaanderen.
- een gronddatabank uit te bouwen en te beheren