De beheerovereenkomsten soortenbescherming worden ingezet in beheergebieden, waar ze het meest bijdragen aan de Vlaamse doelstellingen voor biodiversiteit in landbouwgebieden. De focus ligt op het beschermen van soorten die afhankelijk zijn van landbouwactiviteiten. Denk maar aan de veldleeuwerik, de patrijs en de grutto.
Ook de beheerovereenkomsten om kwetsbare natuurelementen te bufferen of te verbinden en om soortenrijke graslanden te beheren moeten in bepaalde beheergebieden gesloten worden. Die beheergebieden zijn landschappelijk waardevolle gebieden met duurzaam beheerde natuur of kwetsbare landschapselementen. Die beheerovereenkomsten kunnen ook binnen de gebieden voor soortenbescherming gesloten worden.
Landbouwers kunnen de beheerovereenkomsten voor het onderhoud van houtige kleine landschapselementen in heel Vlaanderen sluiten.
